智学園の教室（授業）と自習室（個別指導）には密接な関係があります。授業は分かりやすく、できるだけ多くの生徒に理解させることが大前提です。だからといって授業のレベルを落としてまで、それを達成することはありません。ベテランの講師ほど、授業ではあえて100％の理解を求めないものです。なぜならすべてが分かってしまうと、子どもたちが疑問を持ち、自ら考え、練習によって会得していく大事な過程（自習）が失われてしまうからです。

ここで重要なのは、子どもたちに自習をさせる上でコーチとなる存在の必要性です。自習をする中で、行き詰る生徒もでてきます。家でひとりで勉強することが苦手な生徒も出てきます。そこで智学園の自習室が活きてきます。授業をおこなう講師陣も、自習室があるからこそ授業内で子どもたちにどんどんチャレンジさせていくことができるのです。

子どもたちを待ち受ける自習室には「ともがくメンター」が待機しています。ともがくメンターとは、智学園で学び巣立っていった、智学園の指導は熟知している卒業生を中心としたスタディケアチームです。メンターは教室に入ると、まず欠席者補講や理解不足者補講、再テスト受験者などのその日の予定と、指導内容、指導方法、到達度などの指導関連事項の申し送りが専任講師よりなされ、智学園が長年にわたり改良に改良を重ねた指導書が渡されます。メンターはその指導書に沿って教えるため、授業とほぼ同じクオリティの補講をおこなうことができます。また、自習室には自習、質問に来る生徒がたくさんいます。それらの生徒の質問受け、アドバイスなども彼らの大事な仕事です。自習室には専任講師が絶えず出入りし、その状況を管理監督しています。

補講状況、生徒の質問内容、その対応方法など自習室での様子は専任講師に逐一報告されます。専任講師にとって授業の内容、小テストのレベルなど授業の組み立てをおこなう上で、貴重な情報のひとつとなります。